A incubaero foi criada pelo programa de empreendimentos da FCMF - Fundação Casimiro Montenegro Filho que, além desse centro incubador, contempla outras iniciativas como o Laboratório de Desenvolvimento - LABTEC e o Centro de Competitividade e Inovação - CECOMPI, de forma a utilizar seu elevado potencial para a origem de novas idéias e projetos, visando a plena possibilidade de geração de riquezas.

Do ponto de vista formal, a incubaero é um empreendimento da FCMF com autonomia administrativa e financeira, sustentada por meio de Convênios de Cooperação entre CTA/ITA, FCMF, SEBRAE/SJC, CIESP/SJC e PMSJC.

É aberto também a entidades investidoras, tais como Fapesp, Finep, CNPq e outras.